Nakon Referenduma o nezavisnosti Bosne i Hercegovine, vojne jedinice koje će kasnije biti oblikovane pod nazivom VRS, počele su granatirati glavni grad Sarajevo 7. aprila 1992., a ubrzo su im se u napadima pridružile njihovom napadu jedinice Jugoslavenske narodne armije (JNA), koje su već vodile vojne operacije u drugim dijelovima zemlje (čak 1991.). Nasilje se brzo proširilo i na istočnu Bosnu, gdje je bošnjačko stanovništvo u malim selima i gradovima poput Višegrada, Foče i Zvornika bilo prisiljeno bježati pod napadima i bombardovanjem. U tom trenutku je u toku bila je kampanja "etničkog čišćenja" bošnjačkog stanovništva sa ovog područja. Za manje od dva mjeseca oko dvije trećine bosanskog teritorija bilo je zaposjednuto koordiniranim napadom JNA i policije i paravojnih snaga bosanskih Srba pod komandom generala Ratka Mladića.
VRS je nastavila pustošenje i napredovanje, posebno u Istočnoj Bosni, tokom čitave 1992. Dok je brzo okupljena i slabo opremljena Armija Republike Bosne i Hercegovine (RBiH) zajedno s nekim snagama bosanskih Hrvata djelovala da bi zadržali neke položaje duž fronta, njihov otpor bio je osakaćen postojećim međunarodnim embargom na oružje koji je uveliko pogodovao VRS, s obzirom na njihov monopol nad zalihama oružja JNA. Osim embarga, sudjelovanje međunarodne zajednice ostalo je minimalno, uglavnom ograničeno na pružanje humanitarne pomoći. Iako su UN izbjegle mogućnost vojne intervencije, kasnije će razmjestiti snage zaštite (UNPROFOR) u određeni broj takozvanih "sigurnih područja/zona UN-a", među kojima je bila i Srebrenica.
U međuvremenu, zločine koje su snage VRS nanijele bošnjačkom i hrvatskom stanovništvu postale su sve brojnije i intenzivnije. Uporedo sa opsadom bosanskih gradova poput Sarajeva i nasilnim protjerivanjem čitavih bošnjačkih zajednica iz svojih domova, politički i vojni vrh na čelu sa Karadžićem i Mladićem je osnovao koncentracione logore kao i logore za silovanje širom Bosne.
Dok su Bošnjaci bili daleko najbrojnije žrtve, sve nesrpsko stanovništvo bilo je meta kampanje etničkog čišćenja VRS/ JNA, a 1994. će doći do prekida sukoba između ARBiH te HVO-a i HV-a. U to vrijeme snage VRS su nadzirale oko sedamdeset posto bosanske teritorije. Iako su međunarodni posrednički mirovni pregovori rezultirali nizom prijedloga, nespremnost tadašnjeg političkog i vojnog vrha RS-a da se odreknu bilo koje od ove stečene zemlje osuđivalo je te prijedloge na neuspjeh.
1995., nakon genocida u Srebrenici i masakra na Markalam, skoncentrisaniji napadi NATO-a u kombinacij ofanzivom snaga ARBiH, HVO i HV konačno su uspjeli dovesti politički vrh RS-a za pregovarački stol. Predsjednik SR Jugoslavije, Slobodan Milošević predstavljao je RS na mirovnim pregovorima pod vodstvom SAD-a, koji su održani u Daytonu, Ohio, u novembru 1995. godine. Rezultat Dejtonskog sporazuma, koji su sve relevantne stranke formalno potpisale sljedećeg decembra, konačno je okončao sukob. Nakon četiri godine krvavih sukoba, koji su rezultirali genocidom, i preko 100.000 žrtava i oko 2.000.000 raseljenih, u Bosni i Hercegovini je konačno postignut mir.
